Menjadi Institut Pertanian yang Unggul, Enterpreneurship dan Berdaya Saing di Bidang Komoditi Lokal Unggulan Tahun 2025
MISI
Menyelenggarakan Tridharma perguruan tinggi yang humanis, berkeadilan, berkesetaraan, berkualitas dan relevan dengan perkembangan IPTEK yang berfokus pada enterpreneur bidang pertanian dan peternakan sesuai dengan lingkungan dan budaya Flores serta Nusa Tenggara Timur.
Menyelenggarakan penguatan tata kelola STIPER FB berdasarkan prinsip good university governance dan kampus merdeka, mengembangkan kelembagaan, meningkatkan kualitas SDM dan sarana prasarana
Menyelenggarakan sekolah vokasi dan pemberdayaan masyarakat, menghasilkan riset berkualitas dan dipercaya masyarakat global serta menyelenggarakan pendidikan yang berbasis karakter, memenuhi kebutuhan pasar kerja dan berdaya saing internasional
menyelenggarakan kerjasama dengan berbagai Perguruan Tinggi baik dalam maupun luar negeri, pemerintah pusat dan daerah, dunia usaha dan industri, serta pemangku kepentingan lainnya yang berdaya saing internasional