Badan Eksekutif Mahasiswa (BEM), adalah organisasi intra di tingkat Sekolah tinggi Pertanian Flores Bajawa yang mempunyai fungsi sebagai sarana dan wadah untuk mahasiswa agar dapat melaksanakan berbagai kegiatan yang meliputi:
- Penalaran dan keprofesian
- Minat dan kegemaran
- Upaya perbaikan kesejahteraan mahasiswa
- Bakti sosial bagi masyarakat
- Pembinaan dan pengembangan jatidiri mahasiswa sebagai insan akademis yang dituntut memiliki keahlian untuk berkarya secara profesional bagi kepentingan bangsa dan negara
- dan kegiatan lain sesuai kebutuhan dan aspirasi mahasiswa.